Comparando las sustancias químicas de la superficie: cuándo elegir Silica vs. Carboxyl vs. Streptavidin

Comparando las sustancias químicas de la superficie: cuándo elegir Silica vs. Carboxyl vs. Streptavidin

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Introducción: La superficie es la solución

En el mundo de la separación magnética a microescala, el núcleo proporciona la fuerza, pero la superficie proporciona la función.elegir la química de la superficie correcta es la diferencia entre un ensayo exitoso y un experimento fallidoMientrascon un contenido de nitrógeno superior o igual a 20%, pero no superior a 50%Son los titanes del aislamiento de ácidos nucleicos, otros grupos funcionales como el carboxilo y la estreptavidina juegan un papel vital en la proteómica y la preparación de la biblioteca de NGS.

Química de la superficie de la sílice: el especialista en ácidos nucleicos

Se trata de una mezcla¿Qué es esto?El mecanismo de extracción de ADN y ARN total se basa en el "efecto caotrópico".

• El mejor caso de uso:Extracción de ADN genómico de alto rendimiento de sangre, heces o saliva.

• Ventajas:Alta capacidad de unión, sin necesidad de ligandos específicos y extrema durabilidad en amortiguadores ácidos o básicos.

• El borde de la ingeniería:Las cuentas de sílice son las más "robustas". Pueden resistir los químicos agresivos (como la guanidina) utilizados para lisar las paredes celulares resistentes.

Las cuentas con función de carboxilo: el adaptador versátil

Los grupos de ácido carboxílico (COOH) permiten la unión covalente de proteínas, anticuerpos u oligonucleótidos personalizados utilizando la química de acoplamiento EDC / NHS.

• El mejor caso de uso:Immunoensayos (CLIA/ELISA), captura de secuencias específicas y NGS "selección de tamaño".

• El factor de decisión:Si su objetivo es capturar una proteína específica o una secuencia de ADN específica en lugar de "ADN total", las cuentas de carboxilo son la mejor opción.

• Desafío de ingeniería:El acoplamiento covalente requiere un control preciso sobre el pH y la temperatura, lo que hace que el protocolo sea más complejo que el simple enlace de sílice.

Las cuentas recubiertas de estreptavidina: el patrón de oro para la afinidad

Las perlas de estreptavidina utilizan uno de los enlaces no covalentes más fuertes de la naturaleza: la interacción biotina-streptavidina.

• El mejor caso de uso:Aislamiento de ADN de cadena única, estudios de interacción proteína-proteína y paneles NGS dirigidos.

• Las perspectivas de las compras:Las cuentas de estreptavidina son significativamente más caras que las de sílice debido al costo del recubrimiento de proteína recombinante.Por lo general, se reservan para aplicaciones de alto valor donde se requiere un "pull-down" específico..

Cuadro comparativo para los responsables de la toma de decisiones

Consideraciones técnicas para el aumento de escala

Cuando un laboratorio pasa de un kit de ADN manual basado en sílice a un inmunoensayo personalizado basado en carboxilo, los requisitos de ingeniería cambian.Los bastidores de separación magnética deben calibrarse para diferentes velocidades de asentamiento., y el software de manipulación de líquidos deberá tener en cuenta la viscosidad específica de la suspensión de amortiguador de perlas.

Conclusión: Seleccionar la herramienta adecuada para la tarea

Para el 90% de las aplicaciones de diagnóstico molecular centradas en el ADN/ARN,con un contenido de nitrógeno superior o igual a 20%, pero no superior a 50%Sin embargo, entender cuándo cambiar a Carboxyl o Streptavidin es lo que diferencia a un bioingeniero de clase mundial de un técnico de laboratorio estándar.